ตราสัญลักษณ์ของโรงเรียน
เครื่องหมายช่อชัยพฤกษ์ และ รูปอาร์ม
เป็นสัญลักษณ์ของโรงเรียนนฤมลทิน ธนบุรี
ภายในอาร์มประกอบด้วย เครื่องหมาย 5 ประการ คือ
กรอบที่ 1 ธงชาติประดับอยู่คู่ดวงดาว หมายถึง ประเทศไทย ที่ยืนยงอยู่คู่ฟ้าดิน
กรอบที่ 2 พระคัมภีร์ หมายถึง การหมั่นอบรมสั่งสอนให้ลูกศิษย์ทุกคนเป็นคนดีมีคุณธรรม
กรอบที่ 3 ตะเกียงแห่งความรู้ หมายถึง โรงเรียนอันเป็นแหล่งวิทยาการที่จะปลูกฝังให้ศิษย์นำความรู้ไปพัฒนาตนเองให้ประสบความสำเร็จ
กรอบที่ 4 คบเพลิง หมายถึง ความรุ่งเรืองในอนาคตอันจะพึงมีพึงได้จากการศึกษา
เครื่องหมายกางเขน (กึ่งกลางอาร์ม) หมายถึง การดำเนินชีวิตอย่างมีคุณภาพ โดยอาศัยหลักธรรมคำสอนของศาสนาเป็นเครื่องยึดเหนี่ยวจิตใจ
อักษรย่อของโรงเรียน
ภาษาไทย นฤ.ธ. (นฤมลทิน ธนบุรี)
ภาษาอังกฤษ NMT (Naruemontin Thonburi School)
สีประจำโรงเรียน
สืบเนื่องมาจากการที่โรงเรียนมีแม่พระนฤมลทิน เป็นองค์อุปถัมภ์ของโรงเรียน ดังนั้น สีประจำโรงเรียน จึงเป็นสีฟ้า – ขาว อันเป็นสีประจำพระองค์ของแม่พระนฤมลทิน